Historia maltańczyka sięga czasów starożytnych. Uważa się, że przodkowie tych psów dotarli na Maltę za sprawą Fenicjan, którzy odegrali kluczową rolę w handlu morskim i rozprzestrzenianiu czworonogów w basenie Morza Śródziemnego. Z rasą wiąże się również znana legenda dotycząca świętego Pawła. Według przekazów, po rozbiciu się jego statku u wybrzeży Malty, uzdrowił on ojca rzymskiego namiestnika Publiusza, za co w dowód wdzięczności otrzymał właśnie pięknego miniaturowego pieska. Wizerunek maltańczyka był także uwieczniany w sztuce starożytnej Grecji już w IV i V wieku przed naszą erą. Sam Arystoteles wypowiadał się o tych psach z wielkim uznaniem, opisując je jako stworzenia o doskonałych i harmonijnych proporcjach.