Narząd wzroku u tej rasy hybrydowej jest podatny na szereg specyficznych schorzeń. Wśród najczęściej diagnozowanych problemów wymienia się obecność rzęs ektopowych, entropium, czyli podwinięcie powieki, a także zaćmę, jaskrę oraz postępujące zwyrodnienia siatkówki. Pogorszenie ostrości widzenia staje się zazwyczaj zauważalne w wieku dojrzałym. Pierwszym subtelnym objawem bywa problem z orientacją w przestrzeni po zmroku lub w słabo oświetlonych pomieszczeniach. Za dnia pies może doskonale maskować postępujący ubytek wzroku, polegając na pamięci topograficznej otoczenia oraz zmyśle węchu i słuchu.

Układ trawienny goldendoodle bywa niezwykle delikatny. Psy te wykazują tendencję do stanów zapalnych żołądka i jelit, a także zaburzeń pracy trzustki, w tym jej zewnątrzwydzielniczej niewydolności oraz ostrego zapalenia. Tego typu jednostki chorobowe wymagają ścisłej współpracy z dietetykiem zwierzęcym i wdrożenia specjalistycznej diety. Poważnym zagrożeniem anatomicznym dla psów o głębokiej klatce piersiowej jest rozszerzenie i skręt żołądka. Jest to stan bezpośredniego zagrożenia życia, który rozwija się gwałtownie i wymaga natychmiastowej interwencji chirurgicznej. Wszelkie nagłe wzdęcia, nieudane próby wymiotów czy apatia po posiłku stanowią bezwzględny powód do pilnej wizyty w klinice.

Zarówno pudle, jak i retrievery mają skłonność do nadmiernego przybierania na wadze, jeśli ich zapotrzebowanie energetyczne nie jest ściśle kontrolowane. Otyłość nie jest jedynie defektem estetycznym, lecz poważną chorobą metaboliczną, która drastycznie obciąża stawy, serce oraz cały układ pokarmowy. Utrzymanie prawidłowej sylwetki psa wymaga precyzyjnego odmierzania codziennych porcji karmy wysokiej jakości oraz rygorystycznego kontrolowania liczby podawanych smakołyków. Prawidłowa masa ciała minimalizuje ryzyko powikłań ruchowych i ułatwia psu zachowanie pełnej sprawności przez długie lata.