Samojed zachwyca dwuwarstwową okrywą włosową, która pierwotnie pozwalała mu przetrwać w ekstremalnych, mroźnych warunkach Syberii. Szata składa się z dłuższego, twardszego włosa okrywowego oraz miękkiego, gęstego i wełnistego podszerstka. Taka struktura sprawia, że pies gubi sierść przez cały rok, a jeden lub dwa razy w roku przechodzi intensywne linienie sezonowe. Aby zapobiec powstawaniu kołtunów oraz usuwać zanieczyszczenia, czesanie należy przeprowadzać kilka razy w tygodniu, a w okresach wzmożonej wymiany włosa nawet co drugi dzień. Podstawą wyposażenia każdego opiekuna powinna być profesjonalna szczotka typu pudlówka oraz solidny metalowy grzebień o długich zębach. Regularne rozczesywanie minimalizuje ilość sierści w domu i pozwala zachować sprężystość oraz naturalne piękno futra.